Jurusan Ilmu Komunikasi, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP) Universitas Pembangunan Nasional “Veteran” Yogyakarta (UPNVY) berdiri sejak tahun 1994 berdasarkan Surat Keputusan Bersama Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dan Menteri Pertahanan dan Keamanan Republik Indonesia No.0370/0/1994 dan Kep/10/IX/1994 tanggal 29 November 1994.
Perekrutan mahasiswa pertama kali sekaligus penyelenggaraan kegiatan akademik perdana dimulai tanggal 26 Agustus 1995. Jurusan Ilmu Komunikasi mendapatkan status penyelenggaraan pendidikan sarjana dengan predikat Terdaftar dari Ditjen Dikti Mendikbud No 63/Dikti/Kep/1996 tanggal 13 April 1996. Jurusan Ilmu Komunikasi mendapat pengakuan akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BANPT) pertama kali pada tahun 2003 dan mendapatkan status akreditasi untuk kedua kalinya berdasarkan SK BAN Perguruan Tinggi Nomor : 020/BAN-PT/Ak-XI/S1/VIII/2008 tanggal 29 Agustus 2008 dengan predikat nilai B.
Pada awal berdirinya, Jurusan Ilmu Komunikasi mengkhususkan diri pada bidang kajian jurnalistik. Seiring perkembangan tuntutan keilmuan dan perkembangan industri, Jurusan Ilmu Komunikasi memperluas cakupan bidang kajian yang kemudian disebut dengan istilah konsentrasi menjadi empat kategori yaitu: bidang jurnalistik, public relations, advertising dan broadcasting.
Pada tahun 2016, Jurusan Ilmu Komunikasi mengembangkan cakupan tata kelola kelembagaan jurusan dengan membuka pendidikan jenjang magister yang kemudian diberi nama dengan Program Studi Magister Ilmu Komunikasi dengan fokus kajian pada bidang Corporate Communication.
Pada tahun 2017, Jurusan Ilmu Komunikasi kembali mengembangkan cakupan tata kelola kelembagaan dengan mengubah konsentrasi public relations pada Jurusan Ilmu Komunikasi menjadi program studi tersendiri yang diberi nama Program Studi Hubungan Masyarakat Program Sarjana. Program Studi Hubungan Masyarakat kemudian disebut dengan istilah akronim Prodi Humas untuk memudahkan dalam aktifitas promosi dan pengenalan identitasnya. Program Studi Hubungan Masyarakat dinyatakan resmi dibuka berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor: 387/KPT/I/2017. Program Studi Hubungan Masyarakat melakukan rekrutmen mahasiswa pertama kali pada tahun 2018 dengan jumlah mahasiswa angkatan pertama yaitu 32 orang.
Pembukaan program studi baru (prodi) menjadikan Jurusan Ilmu Komunikasi FISIP UPN “Veteran” Yogyakarta berkembang menjadi tiga prodi yakni Sarjana (S1) Ilmu Komunikasi, Sarjana (S1) Hubungan Masyarakat dan Magister (S2) Ilmu Komunikasi.