Jurusan Ilmu Komunikasi FISIP UPN “Veteran” Yogyakarta berdiri sejak Tahun Akademik 1995/1996 berdasarkan Surat Keputusan Bersama Mendikbud RI dan Menteri Pertahanan dan Keamanan RI No.0370/0/1994 dan Kep/10/IX/1994 tanggal 29 November 1994.
Kegiatan akademik pertama kali dimulai tanggal 26 Agustus 1995. Jurusan ini mendapatkan status terdaftar dari Ditjen Dikti Mendikbud No 63/Dikti/Kep/1996 tanggal 13 April 1996 dan telah berstatus terakreditasi dari Badan Akreditasi Nasional (BAN) untuk kedua kalinya berdasarkan SK BAN Perguruan Tinggi Nomor : 020/BAN-PT/Ak-XI/S1/VIII/2008 tanggal 29 Agustus 2008 dengan nilai B.
Pada awal berdirinya, Jurusan Ilmu Komunikasi mengkhususkan diri pada bidang kajian jurnalistik. Seiring perkembangan tuntutan keilmuan dan perkembangan industri, bidang kajian atau konsentrasi saat ini berkembang pada bidang jurnalistik, public relations, advertising dan broadcasting. Pada tahun 2017 konsentrasi publik relations berkembang menjadi Program Studi Hubungan Masyarakat. Sebelumnya di tahun 2016, dibuka Prodi Magistes Ilmu Komunikasi dengan kekhususan Corporate Communication.
Pembukaan program studi baru (prodi) menjadikan Jurusan Ilmu Komunikasi FISIP UPN “Veteran” Yogyakarta terpecah menjadi tiga prodi yakni S1 Ilmu Komunikasi, S1 Hubungan Masyarakat dan S2 Magister Ilmu Komunikasi.