Program Studi Magister Ilmu Komunikasi UPN Veteran Yogyakarta didirikan pada tahun 2017 berdasarkan terbitnya izin pendirian dari Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi dengan No SK Menteri Nomor 123/KPT/I/2017 Tanggal 7 Februari 2017.
Pendirian Program Studi Magister Ilmu Komunikasi FISIP UPN “Veteran” Yogyakarta tidak dapat dilepaskan dari keberadaan, pertumbuhan dan perkembangan Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik dan Jurusan Ilmu Komunikasi yang pada tahun 2014 mendapatkan Akreditasi A berdasar pada Keputusan BAN PT Nomor: 140/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2014. Potensi yang ada pada Jurusan Ilmu Komunikasi memunculkan keinginan untuk melakukan pengembangan kelembagaan dengan mendirikan Program Studi Magister Ilmu Komunikasi bidang kajian Komunikasi Korporat.
Saat ini Program Studi Magister Ilmu Komunikasi FISIP UPN “Veteran” Yogyakarta sudah memperoleh akreditasi B dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT). Akreditasi tersebut tertuang dalam Surat Keputusan BAN-PT nomor: 3114/BAN-PT/Akred/M/VIII/2019 tanggal 20 Agustus 2019. Sertifikat akreditasi tersebut berlaku sejak tanggal 20 Agustus 2019 sampai dengan tanggal 20 Agustus 2024.
Kondisi pada usia yang masih muda dan baru berjalan lima tahun, menjadikan Program Studi Magister Ilmu Komunikasi FISIP UPN “Veteran” Yogyakarta dituntut mampu menampilkan kinerja prima dan menghasilkan lulusan yang juga berkualitas prima. Salah satu indikator kinerjanya adalah akreditasi dengan predikat Unggul, sementara indikator lulusan dengan kualitas prima adalah masa tunggu lulusan untuk memperoleh pekerjaan dan besarnya penghasilan yang diperoleh. Kedua hal itu mensyaratkan adanya kurikulum yang baik, yang sesuai dengan ketentuan serta mampu mengantisipasi tantangan zaman.